Em São Francisco do Conde, os primeiros casos do novo coronavírus tiveram início no final de março de 2020. Após vivenciar o crescimento da doença nos meses seguintes, a cidade tem mantido a estabilidade no número de novos casos confirmados e casos ativos. No mês de agosto, o município teve uma redução de 41% dos casos confirmados da COVID-19, com relação ao mês de junho e se mantém estável até primeira semana de setembro.
A Secretaria da Saúde – SESAU, do município aponta que a queda tem relação com diversas ações que foram adotadas no território, como o aumento da testagem que, em um primeiro momento mostrou um aumento dos casos, mas permitiu a gestão municipal atuar de forma mais efetiva contra a propagação da doença, entre outras decisões como uso obrigatório da máscara, desinfecção de ruas, barreiras sanitárias, fiscalizações e decretos restritivos com relação a circulação de pessoas nas ruas.
Segundo o boletim Epidemiológico do dia 13 de setembro de 2020, São Francisco do Conde tem 33 casos ativos e 889 curados, entre 940 casos confirmados.
